日本著名造船公司八代商船設計制造了旗下第一艘豪華郵輪愛芙羅黛諦號，為慶祝該郵輪的處女航，八代商船邀請各界名流參加，上到首相下到富豪悉數前來。鈴木園子的父母也接到邀請，因行程安排鈴木夫婦無法出席，園子于是邀請、毛利小五郎、小蘭、柯南等一眾好友同行。藍天白云，美酒佳肴，眾人無不陶醉于這美好的假期之中。但是，這注定是一次不尋常的航行。先是園子突然遭人綁架，接著八代商船的女社長貴江被人殺害，與此同時董事長八代延太郎也從船上神秘失蹤。此前不久，貴江的丈夫八代英人駕車時突發心臟病沖下山崖。這一連串死亡、失蹤案件似乎都與15年前八代商船的沉船事故有關。在層層推理調查之下，隱藏的秘密漸漸浮出水面…80s

神城麻郁（浪川大輔配音）從小在孤兒院長大，除了一張年代久遠的照片外，他對自己的過去一無所知。一次偶然中，他在電視上看到了和自己手中照片上一模一樣的房子，為了弄清楚自己的過去，他搬到了那幢房子里，并進入當地的高中就讀。某天上學途中，麻郁遇見了正要被人非禮的女孩宮藤深衣奈（中原麻衣配音），他意外的發現，自己和宮藤深衣奈有著相同顏色的眼眸。讓麻郁沒有想到的是，當晚，深衣奈竟然出現在了自己家的門口，并拿出了和麻郁一模一樣的照片，聲稱自己飾麻郁的雙胞胎妹妹。就這樣，麻郁開始了和深衣奈的同居生活，隨著時間的推移，兩人之間的關系逐漸親密起來神馬影視

　　被人類用基因技術克隆出來的最強寵物小精靈超夢（市村正親 配音）帶著對自我身份的疑惑和對人類強大的憤怒逃離了科研所，它宣布要對制造出自己的人類進行復仇最新電影
　　已經得到了八個勛章的小智（松本梨香 配音），以成為寵物小精靈訓練大師為目標而不斷的旅行，他帶著皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（飯冢雅弓 配音）小剛（上田佑司 配音）剛結束了和訓練家的對戰，接著收到了一封神秘人的邀請函，邀請他們參加世上最強的小精靈訓練家的宴會。地點是新島寵物小精靈城，這是最強訓練家的邀請。他們很痛快的答應了，小智一行人穿過了狂風暴雨的海岸終于到達了新島。一位叫喬伊的醫生帶領他們來到了寵物小精靈城，介紹最強的寵物小精靈訓練家出場。沒想到出現在大家面前的竟然是超夢。超夢的報復究竟是什么呢，一場大戰即將開始......

小美和父親史諾頓博士在綠色原野過著相依為命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一塊神秘的木刻板，并因此惹禍上身下落不明，留下小美一人過著孤單的生活。小美于無意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成為了強大的“未知圖騰”，為了撫慰小美孤單的心靈，未知圖騰制造了美滿的幻境令小美深陷其中，隨著時間的推移，小美曾經的家被結晶包圍，成為了一座結晶塔，而小美的心也漸漸變為冰冷的結晶。　　為了滿足小美“想要媽媽”的愿望，未知圖騰綁架了小智的媽媽困于結晶塔之中，迫使小智不得不踏上拯救媽媽的旅途，然而，小美的心智早已經被污染殆盡，在她的眼中，小智就是一心想要破壞她幸福生活的最險惡的敵人。

照常進行修業之旅的小智（松本梨香 配音）、小剛（上田祐司 配音）、小霞（飯塚雅弓 配音）一行輾轉來到水之都奧多馬雷參加緊張刺激的水上競賽。奧多馬雷流傳著一個精彩的傳說，在很久很久以前，島上的老夫婦撿到一對孤兒兄妹，當邪魔出現時，兩兄妹化作威力強大的神奇寶貝拉帝歐斯和拉帝亞斯，他們擊敗邪魔，并賜予奧多馬雷人民名為“心靈水滴”的寶石作為守護。時至今日，神圣的心靈之滴卻引起一對盜賊姐妹（釋由美子 配音）的垂涎。她們在追蹤妹妹拉帝亞斯（折笠富美子 配音）時遭遇小智并受挫，貪欲將帶給水都史無前例的災難……　　本片為神奇寶貝系列第五部電影劇場版。

千年一次的彗星之夜里，愿望將會實現……　　立志成為出色的神奇寶貝訓練師的小智、小遙和小勝，帶著皮卡丘展開了新的旅程。為了觀看千年彗星出現的剎那，來到恩斯游樂場，并認識魔術師巴特勒與戴安。在魔術表演中，小勝聽到一陣細微的呼喚聲…
　　那是在〝沉眠之繭〞中沉睡了千年，可幫助人類達成愿望的神奇寶貝——基拉祈。在千年彗星出現的夜晚，如果遇到擁有純真心靈的伙伴便會蘇醒。為了讓基拉祈醒來，巴特勒請小勝當基拉祈的伙伴，果然，基拉祈從萬花鏡般的光芒中蘇醒過來。
　　雖然基拉祈只能停留短暫的七日就會再消失，但是頭一次擁有屬于自己的神奇寶貝的小勝，對基拉祈卻非常寵愛。充滿野心的魔術師巴特勒，因為知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈給搶走，并且想利用他來完成愿望。
　　不懷好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智與小勝要如何克服困難，成功救出同伴呢？小勝與基拉祈又會面臨怎樣的生離死別呢？

在代歐奇希斯（以下代歐）變成防御型態與裂空坐持續激戰的同時，拉魯斯市廣播系統昭告大家緊急避難。市民們聽到廣播后便驚慌疏散。代歐此時又變成攻擊型態，并對裂空坐釋出攻擊。廣播持續呼吁民眾這并非演習，而小超則在逃竄中的人群當中，大惑不解為何代歐還活著。當小超在避難時遇見一只難過的正電拍拍。小超一看到神奇寶貝頓時嚇壞了，但聽到它的求救聲便鎮靜下來。原來它的同伴負電拍拍被陷進垃圾桶里無法掙脫，小超決定幫忙。當他打開垃圾桶蓋時，忽然負電拍拍迫不及待地沖出來！小超又嚇壞了，不由自主地想要逃離現場，這時忽然小卡比獸也從垃圾桶冒出來！可憐的小超就這么昏過去了。之后小智趕來發現不省人事的小超，便用盡方法想把小超叫醒。小超蘇醒后卻不高興地嫌小智多管閑事（背景的小卡比獸則撿著垃圾吃）。此時小遙、小剛、正太、阿隆、一位女性和兩位雙胞胎女生也趕到，而小智正催促小超趕快逃難。但小超還來不及動作，忽然一束死光射到他們附近的地面，把大家嚇得魂飛魄散！大家驚魂甫定時，小超告知有個地方可以躲難，一行人便跟了過去。